2.mehmed gibi iki kez tahta oturan 1.mustafa'nın babası 3.mehmed dir. annesi ise bilinmez. Osmanlı padişahları arasında annesi kaynaklarda geçmeyen tek padişahtır. Bazı kaynaklarda annesinin 1.ahmed in annesi handan sultan olduğu geçer ancak bu doğru değildir.

1.ahmed tahta oturduğunda şehzade Mustafa nın canına kıymamıştır. Bunun nedeni olarak  1.ahmed in henüz şehzadesinin olmadığı ve bu sebeple 1.ahmed'den başka hanedan kanı taşıyan bir tek şehzade mustafa'nın kalmış olması gösterilir.Daha sonra boğdurtmak istediyse de bundan vazgeçtiği de kaynaklarda geçer.

Şehzade Mustafa babası 3.mehmed vefat ettiğinde 11 yaşındaydı. Abisi 1.ahmed tahta oturduğunda kardeşinin canına kıymamış ancak şehzadeyi "kafes" adı verilen bir odaya kapattırmıştı. Şehzade Mustafa İstanbul sarayının bu kafes adı verilen zindanında tam 14 yıl mahbus hayatı yaşamıştı. Bu süreç içerisinde şehzadenin akli muvazenesini yitirdiği söylenir.
Bu nedenle "Deli" ve "derviş-meşreb" sıfatlarıyla anılır.

1.ahmed dünyadan göçmeden önce atalarının veraset kanununda bir değişiklik yapıp tahtın  babadan oğula değil, hanedanın en büyük ve aklı başında olan üyesine geçmesini buyurmuştu.( Bu kararın arkasındaki dinamikler arasında kösem sultanın olduğu düşünülür. Zira 1.ahmed in en büyük şehzadesi Osman mahfiruz sultan dan doğmaydı. Diğer şehzadeleri ise kösem sultan'dan doğmaydı.) Bu nedenledir ki 1.ahmed öldüğünde taht oğlu Osman'a değil, Osman 'ın amcası Mustafa ya verilmişti. O zamanlar şehzade mustafa' nın akli muvazenesini yitirdiği pek bilinmeyen bir durumdu. Bu durumu bilen saray mensubu sayısı dahi pek azdı. Bunlardan biri olan kızlarağası Hacı Mustafa ağa durumu dönemin ileri gelenlerine anlattı. Ancak zamanla kendine gelir denilerek geçiştirildi. Lakin gün geçtikçe durumun vehameti bütün çıplaklığıyla ortaya çıkıyordu.(1.mustafa garip haller içindeydi. Bu garip hallere verilecek örnekler arasında ulemaya dil çıkarması, eteğini öpmeye kalkan bir vezire tekme savurup kavuğunu uçurması gösterilebilir.) En nihayetinde dönemin şeyhülislamının ve sadaret kaymakamının (veziriazam o dönem seferde idi) bilgisi dahilinde ve kızlarağası hacı mustafa ağa nın çabaları neticesinde 1.mustafa hal edildi (ki kansız ve kolayca gerçekleşen bir hal idi) ve yerine şehzade osman tahta oturdu. Böylece 1.mustafa 'nın 96 günlük ilk saltanatı sona erdi ve tekrar mahbesine kapatıldı.

İkinci saltanatı ise sultan osman' ın hal edilmesiyle başladı. Hem de bu sefer "derviş- meşreb" olduğu bilindiği halde.

Yeniçeri ve sipahi ayaklanmış saraya yürüyordu. bostancıların ihaneti sonucu üç kapıdan da girmeye muvaffak oldular. Sultan Osman dan isteklerde bulundular. O sırada bir ses yükseldi. "sultan Mustafa yı isteriz". Bunun üzerine güruh hep bir ağızdan aynı tümceyi söylenmeye başladı.
Ancak şehzade mustafa harem de mahbesindeydi ki tek bir kul dahi haremüe girmeye cesaret edemezdi. Bu nedenle sırıklarla şehzade Mustafa nın mahbesine tırmanıp kubbesini deldiler. İçeriye girip şehzadeyi çıkardılar. Ardından ilk başta validesi ile birlikte eski saray'a (bugün İstanbul üniversitesi merkez binasının bulduğu yer) götürdüler. Ancak dedikodular üzerine tedbir için orta camii ye götürdüler. Bir dizi olayın ardından da topkapı sarayına götürüp padişah eylediler.

1.mustafa nın ikinci saltanatı kargaşa ve anarşi üzre geçti. Sözün ayağa düştüğü, eclaf ve erazilin meydanı boş bulup her türlü iğrençliği, kötülüğü yaptığı korkunç bir devir oldu.

1 yıl, 3 ay, 22 gün sonra sadrazam kemankeş ali paşa 1.mustafa 'yı tekrar mahbesine kapattı. Ardından tahta 12 yaşında şehzade murad oturdu.

47-48 yaşlarında bağdat için fetih şenlikleri yapılırken vefat etti. 4.murad' ın amcasını boğdurttuğu da söylentiler arasındadır.

Hasekisi yoktur. Çocuğu olmamıştır. Zira validesinin tüm çabalarına rağmen kadınlara yaklaşmamıştır.

mustapha I