1986 yılında kurulmustur.
1966 yılında kurulmuş olan ve 2006 yilinda çeşitli sebeplerle küme dusen malatyaspor,sonrasında berbat yönetimle iyice borç batağına saplanınca hem şehir halkının desteği,hemde kulüp uyelerinin desteği zamanla yeni malatyaspor'a (o zamanlarda adı malatya belediyespor) kaydı.
taraftarlar suan da yeni ile eski malatyaspor arasında bir fark görmüyor ve 11 yıl sonra super lige cikmanin hakli sevincini yaşıyor.
her ne kadar bazı kimseler yeni kulübün şehrin asıl takımı olmadığını, bu takımın malatyaspor adını kullanan asansör bir takım olacağını söylesede,bu laflar saçmalıktan başka bir şey değil.