biyoenformatikçi arkadaşlara bir kaç tane tavsiyemin olduğu dil.

1) aynı anda hem perl hem de python gibi script dili öğrenmeyin. gereksiz efor olur.
2) bana sorarsınız python kütüphane desteği ile perl'ü döver.
3) eğer hız sorununuz varsa yapabileceğiniz birkaç tane şey var.
...3a) ya kodunuzun yavaş kısmını profiling yaparak bulursunuz. hangi fonksiyon bottleneck yaratıyorsa o fonksiyonu c/c++ gibi bir dil ile yazıp wrapper kodunuzdan çağırırsınız.
...3b) cython kullanarak python syntaxlı ve daha kolay bir şekilde kodunuzu c hızı ile aynı hızda çalıştırırsınız.
...3c) ya da ctypes kullanarak derleme vs uğraşmadan kütüphane ile değişkenlerinizi c tarzı tanımlarsınız. gene hız kazanmış olursunuz.

benim tavsiyem normal işleriniz için python, hız lazım olan yerlerde ise cython.