isyan bastırıldıktan sonra bedrettin yakalanıp yargıya çıkarılmış. o zamanın şerri hukukuna göre de bir alimi yargılamak için ondan daha yüksek bir alim gerekiyormuş ama araştırmışlar yok zaten tüm büyük kadılar da onun öğrencisiymiş. sonra yargı kurulunda " kimseyi bulamadık kendi cezanı kendin ver." demişler. bunun üzerine bedrettin demiş ki " ben demiş davamda sonuna kadar haklıyım ama devletin gözünden bakarsak ben bir asiyim cezam idamdır." böylece kendi idamının kararını da kendi vermiş.